Holmen kirke har siden starten hatt en solid tradisjon med sang og musikk. Våren 2005 bestemte menighetens årsmøte at det skulle startes et arbeid med å skaffe et nytt orgel til kirken fordi det daværende orgelet hadde til dels stor mangler. Seks og et halvt år senere ble drømmen realisert: Et nytt orgel til glede for generasjoner framover. Et eget klokkespill, som høres ut som «engledryss» når det brukes, ble også inkludert. Orgelet består av tusenvis av deler, og alle er håndlaget. Orgelbyggeriet laget en egen legering av tinn og bly som ble tilpasset kirkerommet. Slik skal lyden i Holmen kirke matche en enhetlig robust fasade med en mer majestetisk klang enn det gamle orgelet. Det nye orgelet ble innviet 20. november 2011 til stående applaus og hyllest av organist Brattskar, som var en viktig ressurs i arbeidet med det nye orgelet.
Kirkens orgel
Orgelet i Holmen kirke ble innviet i 2011 og er bygget av det danske firmaet Markussen & Søn orgelbyggeri som har bygget orgler i syv generasjoner. I alt har orgelet 27 stemmer og 56 piper på hver stemme.