Dåpsfatet ble "Omgiort og Forbædret" i 1722 i det som kalles regence-stil og er dermet et av de tidligste eksemplene i Norge på denne stilen i overgangen mellom barokk og rokokko. Fatet var en gave fra stattholder Gregers Krabbe. Når vi i dag bruker fatet, låses det fast til foten med kjetting og hengelås fordi det er så verdifullt, og til daglig oppbevares det i en safe.
Døpefonten i akantusbarokk er laget av billedhuggeren Torsten Ottesen Hoff, og ble skjenket kirken i 1720-årene. Sammen med prekestolen, altertavlen og orgelfasaden, tilhører døpefonten kirkenes opprinnelige barokkinteriør. Døpefonten ble skjenket kirken av rektor ved katedralskolen Jacob Rasch og opprinnelig hørte også et dåpshus til.
Maria-skulpturen i tre er laget av kunstneren Turid Angell Eng(f. 1937), og var en gave til kirken i forbindelse med 300-årsjubileet i 1997.
I marmorgulvet rett foran døpefonten finner vi en mosaikk som fremstiller paradisets slange som fristet Eva. Gud sa til slangen: "Jeg vil sette fiendskap mellom deg og kvinnen, mellom din ætt og hennes ætt. Den skal ramme ditt hode, men du skal ramme dens hæl.» Symbolsk "knuser" presten slangens hode under dåpen, og på den måten trår det onde under hæl.