Konflikten om Alta-Kautokeinovassdraget (1979 og 1981) satte for alvor samiske rettighetsspørsmål på dagsorden i norsk offentlighet. Saken ble utgangspunktet for de utrednings- og endringsprosesser som fulgte med hensyn til samisk språk, kultur og samfunnslivs status i det norske statsfellesskapet. Som en naturlig konsekvens kom samisk kirkeliv relativt raskt også på Kirkemøtets sakskart etter Kirkemøtets opprettelse i 1984. I 1986 vedtok Kirkemøtet å nedsette ”et utvalg til å utrede prinsipielle og praktiske spørsmål vedrørende Den norske kirkes arbeid i den samiske befolkningen”. Til Kirkemøtet i 1990 hadde en arbeidsgruppe utarbeidet utkast til handlingsprogram for samisk kirkeliv i Den norske kirke (Samisk kirkeliv i Den norske kirke:Utkast til handlingsprogram. Fra en arbeidsgruppe nedsatt av Kirkerådet).
Kirkemøtets behandling av sak KM 15/90 Handlingsprogram for samisk kirkeliv fremstår som et tidsskille i Den norske kirkes arbeid med samisk kirkeliv.
Tanken om samisk kirkelivs likeverdighet, Den norske kirkes særskilte ansvar på området, og målet om samers med- og selvbestemmelse i eget kirkeliv blir etablert. I tillegg blir samisk kirkeliv fra nå av definert i forhold til de 3 offisielle samiske skriftspråkene i Norge – nordsamisk, lulesamisk og sørsamisk. Sak KM 15/90 bidro dessuten til å etablere en helhetskirkelig organisering av samisk kirkeliv i Den norske kirke: Det ble vedtatt opprettet et eget sentralkirkelig organ for samisk kirkeliv (Samisk kirkeråd ble endelig vedtatt av Kirkemøtet i 1992). Videre ble de tre nordligste bispedømmene anmodet om å ta ansvar for all kirkelig betjening på henholdsvis nordsamisk, lulesamisk og sørsamisk, samt anmodet om å opprette egne samiske utvalg i sine bispedømmer. Dermed var hovedlinjene lagt for den organiseringen av samisk kirkeliv vi finner i Den norske kirke i dag.
For den samiske befolkningen i sørsamisk område, etablerte Nidaros bispedømmeråd, Utvalg for sørsamisk kirkeliv, på sørsamisk ble det Åarjelhsaemien Gærhkoejielemen Moenehtse (ÅGM).
ÅGM behandlede spørsmål om en egen menighet allerede i 2003. I 2004 startet behandlingen i Nidaros bispedømmeråd. I 2005 ble saken diskutert i Samisk kirkeråd.
Hovedargument for å opprette en egen samisk menighet var at det da kan velges et samisk menighetsråd ved direkte valg. Egen menighet med eget menighetsråd vil gi det sørsamiske kirkeliv økt status og rettmessig oppmerksomhet.
I utredningen fra 2004 ble det lagt til grunn at en egen sørsamisk menighet i sørsamisk område vil gi grunnlag for økt engasjement og direkte valg vil legge grunn for at dette er sørsamenes eget arbeid. Det er rimelig at sørsamene sikres rettigheter og rammebetingelser slik at de blir mest mulig lik andre menigheter og får samme status som disse. Ved å opprette en egen sørsamisk menighet vil kirken gå foran ved å bidra til at sørsamene kan få en enhet som knytter området sammen slik at fellesskapsfølelsen styrkes. Et slikt grep kan også være med på å gjenopprette noe av den urett som på flere måter er begått mot den samiske befolkningen gjennom tidene. En sørsamisk menighet vil være å ta på alvor den særskilte bosetting sørsamene har.
Av begrunnelser for en egen samisk menighet kan det nevnes.
- Samene selv mer aktivt kan ta direkte ansvar for å styrke alt som kan gjøres for å vekke og nære det kristelige liv blant samer.
- Med utgangspunkt i det at det sørsamiske språkområde strekker seg over flere bispedømmegrenser, vil kirken gå foran ved å bidra til at sørsamene kan få en enhet som knytter området sammen slik at fellesskapsfølelsen styrkes.
- Medlemskap i en egen samisk menighet gir grunnlag for økt engasjement og direkte valg vil gi en økt opplevelse av at dette er sørsamenes eget arbeid. Gjennom en slik menighet kan samer på en særskilt måte samles med utgangspunkt i den livssituasjon og opprinnelse som samene er alene om. Et menighetsråd vil på en helt annen måte enn det nåværende utvalg kunne starte tiltak og arbeid på eget ansvar.
- Det finnes i dag ingen egen kirke som et sørsamisk menighetsråd vil ha ansvar for. Det arbeides imidlertid også med dette spørsmål.
- Etableringen av en egen sørsamisk menighet må imidlertid ikke redusere arbeidet med å tilrettelegge for samers deltagelse i sine lokale menigheter. Samene er likeverdige og selvfølgelige medlemmer av sin lokalmenighet og den nasjonale kirke.
- Etableringen av et eget menighetsråd har som konsekvens at rådet må få en daglig leder og et driftsbudsjett for det løpende arbeid.
Etter henvendelse fra ÅGM fremmet Nidaros bispedømmeråd forslag om opprettelse av en egen sørsamisk kategorialmenighet. Kultur- og kirkedepartementet opprettet ved kgl.res. 15. mai 2008 Samisk menighet i sørsamisk språkområde. Dette var en forsøksordning i perioden 2009–2012, med en forlengelse ut 2013. Menigheten er en samisk kategorialmenighet som har som formål å fremme sørsamisk kirkeliv. Det sørsamiske språket er svært truet, sørsamene er få og bor spredt, og de er i minoritet i alle lokalmenigheter hvor de bor. Målet med menigheten er å skape en tydelig samiskmenighetsarena hvor sørsamisk kirkelig fellesskap og identitet kan styrkes og utvikles. Dette er et svært viktig forsøksprosjekt for samisk kirkeliv i Den norske kirke.
Menigheten ligger under Nidaros biskops tilsyn, men dens virkeområde strekker seg ut over dette. Den særskilte kirkelige betjening av sørsamer i og utenfor sørsamisk språkområde skjer ved prest for sørsamer, som leder prestetjenesten og sørger for den nødvendige samordning med menighetsrådets virksomhet, diakon og tros opplærer er andre statlige stillinger med arbeidsoppgaver tilknyttet sørsamisk kirkeliv. Daglig leder for menigheten (50 % stilling) er tilsatt i 2009, og det er gjennomført eget menighetsrådsvalg høsten 2009 og et nytt valg høsten 2011.