Biskop Karl Mathinussen skriver i sin kantate ved innvielsen i 1956: "Av ruiner atter reistes kirkespir ved Vågens strand."
Nykirken er bygget i stein i barokk/rokokkostil, og eksteriøret gir assosiasjoner tilbake til 1600-1700 tallet. Kirken er opp gjennom årene forsøk holdt etter tegningene til arkitekt J.J. Reichborn fra 1700 tallet. Imidlertid stod kirken uten Reichborns tårn i mange år, noe man antar hadde økonomiske årsaker. Men da kirken stod ferdig gjenoppbygd i 1956, var tårnet kommet på plass igjen. Andre arkitekter har vært Frederik Konow Lund og Hans Wichmann. Nykirken har sitteplass til ca. 750 mennesker.
Interiørets bærer til en viss grad preg av å være fra gjenoppbyggingstiden på 1950 tallet. Men en har beholdt barokkstilen med prekestolen plassert over alteret og orgelet over der igjen.
En spennende detalj er barokkportalen fra 1670 med kong Christians Vs monogram.
Siden 1956 har kong Håkon VII sitt monogram vært synlig over prekestolen.
Kirkerommet er lyst og åpent. Barn fra skolene har prydet de store kirkevinduene.
Erkebispegården
I middelalderen dominerte kongen og erkebiskopen på hver side av innseilingen til Bergen. På østsiden av Vågen ruvet kongsgården, Håkonshallen. Erkebiskopens storslåtte slott lå på vestsiden. Her var en konkurranse mellom dem. Erkebispegården var faktisk den største av de to, med en lengde på 60 m mot Håkonshallen på 37 m.
Litt av ruinene av til gamle Erkebispegården finner vi i kjelleren til Nykirken. Arkeologene har undersøkt et område på ca 500 m2. Det vitner om hvor stort og flott dette anlegg har vært. Erkebispegården ble trolig bygget i siste halvdel av 1200-tallet, men er første gang nevnt i 1329. En del av området ligger under dagens boligblokker.
Den hadde kraftige murer (ringmur) rundt, slik at utgjorde "en lukket karré". Den var nærmest som en festning. Murene utenfor kirken stod lenge, og ble i 1631 omtalt som "den gamle øde Muur".
Bygningen ble drevet av erkebiskopsmenn og fungerte som et handelshus på 1300-tallet Erkebiskopens økonomi baserte seg på tiende, landskyld, gaver og bøter. Kirken hadde store eiendommer i Nord-Norge og en solid del av økonomi var knyttet til fisk. Erkebiskopens økonomi var tidvis sterk knyttet til hanseatene. De besørget eksport av fisken og importerte de varer som erkesetet hadde bruk for.
Etter reformasjonen
Ved reformasjonen ble alt kirkegods konfiskert, og erkebispegården gikk over i Kongens eie. Ved erkestolens fall begynte gården å forfalle. Kongens interesse for gården var først og fremst økonomisk.
I 1608 forsøkte man å få solgt anlegget, men med et prisforlangende på 2000 daler kom ikke noe salg i stand.
I 1618 ble nordre del av bygningen gitt til borgere på Strandsiden til innredning av kirke. Den fikk navnet Nykirken.
I 1622 ble den første Nykirken innredet i overetasjen i hovedfløyens nordre del. Dette skjedde uten at bygningen gjennomgikk større endringer. I denne delen av bygningen har det vært et stort rom som egnet seg til kirke. Dette rommet kan ha vært den middelalderske sal. Denne kirken brant allerede ned året etterpå. Den ble straks gjenreist, for så å bli ødelagt av branner i 1660, 1756, 1800 og i 1944 under eksplosjonskatastrofen.
Strandsiden hadde inntil 1622 soknet til Domkirken. "Man kunne ikke en gang høre kirkeklokkene." klaget folket. Nå fikk borgerne overta den øvre salen, men til gjengjeld skulle de holde kjelleren i stand. Denne var Kongen fortsatt interessert i. Kjelleren ble brukt som lager.
I 1637 besluttet man å bruke deler av den gamle muren til begravelser. Det kongen ikke var interessert i fylte en igjen. Inngangen til gravkapellet ble fra utsiden. En historie er knyttet til kjelleren under Nykirken. I 1640 ble to gutter 12 og 14 år gamle beskyldt for å ha forårsaket en større bybrann i Bergen. De ble fengslet i kjelleren. Her satt de sommeren og det meste av høsten, før de ble frisatt på grunn av sin unge alder; I dokumenter står det "formedelst deris Ungdom Aars skyld".
I august 1648 ble Nykirken sokn utskilt som egent soknekall. I 1675 fikk kirken et orgelverk, som den første av kirkene i Bergen. Men i 1756 brenner hele hovedfløyen ned igjen.
Da ble det bestemt at hele anlegget skulle rives og oppføre en ny kirke. Selv om deler av det gamle anlegget ble inkorporert i en ny bygning, forsvant det meste av den gamle gården. Innvielsen av den nye kirken fant sted 23.november 1763 under ledelse av biskop Ahrentz, ledsaget av 12 prester.
Det er den tyske arkitekt J.J. Reichborn som stod for tegningen av den nye kirken.
I gave fra "salige Heinrich Pütters enke" fikk kirken en dåpsengel i 1794. Men allerede i februar 1800 brenner kirken på ny. Oppbyggingen denne gangen skjer så raskt at biskop Johan Nordahl Brun allerede i november samme år kan innvie kirken. Men allerede i 1820 årene ble det satt i gang innsamling til forbedring av kirken.
Men så skjer det igjen. Den 20 april i 1944 blir kirken ødelagt av en eksplosjon på Bergen havn. Først i desember 1956 blir kirken innviet på nytt. Nå har den fått Reichborns tårn på plass igjen.
